科研经费管理
根据国务院办公厅《关于改革完善中央财政科研经费管理的若干意见》（国办发〔2021〕32号）等一系列文件精神，给予科研人员更大经费管理自主权的同时，加大了对科研人员的激励，提高科研项目间接费用比例，用于“人”的费用可达50%以上。允许从基本科研业务费、中科院战略性先导科技专项经费、有关科研院所创新工程等稳定支持科研经费中提取不超过20%作为奖励经费。
一、间接费用管理
间接费用主要包括承担课题任务的单位为课题研究提供的现有仪器设备及房屋，水、电、气、暖消耗，有关管理费用，以及绩效支出中列支的相关费用。
间接费用使用分段超额累退比例法计算并实行总额控制，按照直接费用扣除设备购置费后的一定比例核定，由项目承担单位统筹安排使用。其中，500万元以下的部分不超过30%，500万元至1000万元的部分不超过25%，1000万元以上的部分不超过20%；对数学等纯理论基础研究项目，可提高到60%。项目承担单位可将间接费用全部用于绩效支出，并向创新绩效突出的团队和个人倾斜。
间接经费预算编制和支付方式改革后，不再由项目负责人编制预算，由项目管理部门或单位直接核定并办理资金支付手续，资金直接支付给承担单位。
二、预算执行控制
承担单位必须将项目资金纳入单位财务统一管理，对专项资金和其他来源资金分别单独核算，确保专款专用。按照承诺保证其他来源资金及时足额到位，并用于本项目支出。承担单位应当建立信息公开制度，在单位内部公开项目立项、主要研究人员、资金使用（重点是间接费用、外拨资金、结余资金等）、大型仪器设备购置以及项目研究成果等情况，接受内部监督。项目完成任务目标并通过综合绩效评价后，结余资金留归项目承担单位使用。
科研项目配备科研财务助理，提供预算编制、报销等专业化服务，减轻科研人员事务性负担。科研财务助理所需的社会保险补助、住房公积金等人力成本费用，通过科研项目经费等渠道统筹解决。从科研经费中列支的国际合作与交流费用不纳入“三公”经费范围。
三、预算调整控制
根据《国家重点研发计划资金管理办法》的通知（财教〔2021〕178号）规定：设备费预算调剂权全部下放给项目承担单位，不再由项目管理部门审批其预算调增。项目承担单位要统筹考虑现有设备配置情况、科研项目实际需求等，及时办理调剂手续。除设备费外的其他费用调剂权全部由项目承担单位下放给项目负责人，由项目负责人根据科研活动实际需要自主安排。其中：重大调整事项包括项目牵头单位、课题承担单位、项目（含课题）负责人、项目实施周期；重要调整事项包括课题参与单位、课题实施周期。
项目预算总额调剂，总额不变、课题参与单位之间预算调剂的，变更课题承担单位、课题参与单位的，由项目牵头单位或课题承担单位审批，报专业机构备案。课题间接费用预算总额不得调增，经课题承担单位与课题负责人协商一致后，可调减用于直接费用。课题间接费用总额不变、课题参与单位之间调剂的，由课题承担单位与参与单位协商确定。
四、预算评价控制
实行科研项目责任人预算绩效负责制，重大项目责任人实行绩效终身责任追究制。合并项目评审和预算评审，项目管理部门在项目评审时同步开展预算评审。评价要坚持的原则是政策相符性、目标相关性、经济合理性，不得将预算编制细致程度作为评审预算的因素。简化科研项目验收结题财务管理，合并财务验收和技术验收，在项目实施期末实行一次性综合绩效评价。
支持新型研发机构实行“预算 负面清单”管理模式。创新财政科研经费支持方式，给予稳定资金支持，探索实行负面清单管理，明确科研项目经费使用禁止性行为，有关部门根据法律法规和负面清单进行检查、评审、验收、审计，对尽职无过错科研人员免予问责。
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